Lenalee, Allen, Lavi, Kanda, Krory et Chao Ji se retrouvent prisonniers dans la vieille Arche des Noé vouée à une destruction totale dans les trois heures. Restés à Edo, le Général Tiedoll, Bookman, Marie, Miranda et les deux survivants de l'équipage d'Anita doivent faire face à une armée d'Akuma géants.
