Misaka collabore avec les Scavengers pour arrêter Doppelgänger, le cyborg bien décidé à prendre sa revanche sur les humains. Un combat titanesque s'engage entre le cyborg capable de manipuler la matière, et le Niveau 5 Railgun. Et si Ryôko Kuriba, la scientifique à l'origine de cette âme perdue, avait un rôle à jouer ?