Dans le Japon du XIXe siècle, une force obscure se cache sous le pays nouvellement réformé et menace de renverser le gouvernement actuel. Ce dernier est dirigé par Shishio Makoto, un ancien assassin du gouvernement qui a pris le poste de Kenshin après que ce dernier est parti à la retraite et a juré de ne plus jamais tuer. En raison de cette situation sans précédent, Kenshin quitte Edo et se retrouve à Kyoto pour mettre un terme aux plans de Shishio et sauver le pays.
