Dans le village de Giha, une ville souterraine, Simon et Kamina mènent une vie banale sous la menace constante de tremblements de terre. Ils sont alors témoins de l'arrivée d'un gigantesque Gunman à tête de loup, qui s'écrase à travers le plafond. Avec le poursuivant du Gunman, une fille du village voisin, Yoko, les deux jeunes hommes trouvent un petit Gunman enterré dans le sol, nommé Lagann pour vaincre l'aure Gunman et quitter le village de Giha.
