Rose Carlisle, médecin légiste à Los Angeles, fait une étrange découverte en examinant un corps. Elle prévient immédiatement Callen, mais deux tueurs font irruption dans la salle d'examen, abattent un interne et dérobent le cadavre. Le NCIS finit par comprendre que le corps était marqué par une poudre secrète, utilisée par les Etats-Unis pour traquer des terroristes à travers le monde. Cependant, l'homme examiné par Rose n'était pas un terroriste, mais un innocent technicien de laboratoire. Callen découvre alors qu'un individu a mis la main sur cette poudre et l'utilise à des fins criminelles...