Walter est toujours victime d'hallucinations : il entend une voix dans sa tête et aperçoit le reflet de Peter, sans toutefois le reconnaître. Pendant ce temps, Olivia et Lincoln enquêtent sur une bactérie qui a tué deux enfants, laissant les cadavres dans un état de décomposition avancé. Cette mystérieuse bactérie semble liée à un autre enfant, solitaire et taciturne, le jeune Aaron Sneddon...