Michael et Nikita sont envoyés en mission pour récupérer une plante pharmaceutique qui se trouve en la possession d'une entreprise appelée Genefex et d'un revendeur de la "Cellule Rouge" qui vend également une arme biologique, Gandieum. A l'insu de Michael et Nikita, l'opération a un objectif secondaire : mettre un terme définitif à leur relation. Après avoir mis la main sur la plante, Nikita est envoyée vers une autre partie, où Madeline l'attend pour la reprogrammer et éliminer ses sentiments envers Michael.