Ayato et Quon se dirigent vers Tokyo avec Rahxephon. Isshiki ordonne à Elfie de partir au combat à bord du Vermillon. Mais Elfie emmène Haruka à son bord, sans aucune autorisation. Un Dorem, Allegretto, fait alors son apparition et se dirige vers Ayato. Haruka essaie de suivre Rahxephon, mais celui ci disparait dans un couloir dimensionnel et disparait au sein de Tokyo Jupiter. Là, Ayato va retrouver sa mère et apprendre qui elle est en réalité.
