Kisaragi Quon continue sa période de léthargie. La fondation Barbemu veille alors sur elle sans discontinuer, mais un jour, elle disparaît sans prendre son système de survie. Après que Quon ait rencontré Reika, elle se rend auprès d' Ayato et s'apprête à lui révéler son secret quand un Dolem fait son apparition. Ayato et le RahXephon se préparent à lutter contre lui, lorsque Quon apparaît soudainement dans le cockpit du Dolem...
