Después de que se les concedió acceso a todas las habitaciones previamente cerradas, Makoto y Kyoko investigan el segundo piso del dormitorio y encuentran una habitación escondida en el albergue del director. Allí, descubren los restos del padre de Kyoko, que murió mucho antes de que comenzara el juego de matar, junto con una tarjeta SD que contiene entrevistas en video de todos los estudiantes que aceptan pasar sus vidas en Hope's Peak Academy, aunque Monokuma desconecta el video llega demasiado lejos. Mientras que Kyoko trata con la revelación de que su padre se preocupaba más por ella de lo que pensaba, Makoto usa el e-handbook del director para abrir algunos casilleros, encontrar algunos libros de texto que supuestamente pertenecen a Yasuhiro y un cuaderno que contiene la letra de Kyoko, insinuando que hay dos 'Desesperación 'estudiantes. Luego, Makoto visita el laboratorio de ciencias, siendo utilizado como depósito de cadáveres, notando algunas heridas curiosas en el cuerpo de Mukuro antes de que Monokuma le dé una foto con los dieciséis estudiantes excepto él mismo. Como el juicio de la clase pronto comienza, con Monokuma uniéndose a la refriega, los otros estudiantes revelan que también han recibido fotos similares, solo que faltan en sus respectivas fotos. Preguntándose de dónde salieron estas fotos, Makoto revela los libros que encontró, deduciendo que cada uno de ellos está perdiendo algunos de sus recuerdos, y que Monokuma le había robado. Makoto luego acusa a Monokuma de asesinar a Mukuro, deduciendo que Mukuro fue asesinado dos veces, señalando que la verdadera causa de la muerte fueron heridas misteriosamente similares a las que recibió Junko. Después de que Kyoko demuestra su inocencia al revelar las quemaduras vergonzosas en sus manos, Makoto deduce de la evidencia oscurecida de Monokuma la identidad del culpable, el controlador de Monokuma,
