Die Geschichte spielt im Jahr 1923, in dem es Vampire schon eine ganze Weile gibt. Plötzlich steigt die Anzahl der Vampire, während eine mysteriöse, künstliche Blutquelle namens Ascra auftaucht. Die japanische Regierung gründet daraufhin die »Code Zero«, eine Einheit innerhalb der Armee, die den Auftrag hat, die Vampirtruppen auszuschalten. Und wie könnte man Vampire besser aufspüren als mit Hilfe von Vampiren? Diese von Generalleutnant Nakajima geschaffene Einheit hat sich in der Vergangenheit mit dem Informationskrieg befasst, wurde aber umgekrempelt, um die Vampirkrise zu lösen. Es liegt an Code Zero und dem S-Klasse-Vampir Deffrot, den Anstieg von Vampiren zu untersuchen und ihn zu stoppen, bevor die Gesellschaft zusammenbricht.
