Der General des Verteidigungsministeriums John Acosta rekrutiert MacGyver, um ein streng geheimes Projekt aus einem Militärlabor zu stehlen, um Sicherheitslücken zu finden. Doch als sich herausstellt, dass der General einen Angriff mit der Waffe plant, muss Phoenix Acosta aufhalten, bevor die Waffe hochgeladen wird.