Coles Suche nach der mysteriösen Organisation mit dem Namen „Armee der 12 Monkeys“, führt ihn im Jahr 2015 in eine Psychiatrie. Eine Patientin hält den Schlüssel zu der Seuche, welche die Welt zerstören wird, in der Hand. Dr. Railly riskiert ihr Leben und ändert den Lauf der Geschichte, indem sie Cole hilft.