Die Hoenn Liga Meisterschaften sind beendet und Ash und seinen Freunden steht, nach einer langen gemeinsamen Reisezeit, der Abschied bevor. Jeder freut sich auf sein Zuhause, aber es ist eine ungewohnte Situation und sie versichern sich gegenseitig, sich bald wieder zu sehen. Nach einem kurzen Zwischenstopp in Virtania City geht es doch erst einmal nach Alabastia zu seiner Familie, wo er mit großer Begeisterung begrüßt wird und sich eine ausgiebige Erholungspause gönnt. Zur selben Zeit trifft Team Rocket im Hauptquartier ein, um bei ihrem Boss Eindruck zu schinden und einen neuen Auftrag zu bekommen. Er glaubt ihnen kein Wort, doch läßt er sie in dem Glauben und gibt ihnen einen neuen Auftrag, um sie loszuwerden. Höchst motiviert, organisiert sich Team Rocket neu, mit neuem Auftrag vom Boss und neuem Fang-Motto soll eine neue, allerdings positivere Ära für sie anbrechen. Gestört werden sie nur von Butch und Cassidy ihren alten Rivalen, die ihnen eröffnen, daß der Boss ihnen nur den Auftrag in der Hoenn Region gegeben hat, um sie so lang wie möglich los zu werden. Team Rocket läßt sich nicht unterkriegen und erklärt Butch und Cassidy den Kampf, um es dem Boss zu zeigen, wer das bessere Team ist und das Hauptziel ist nach wie vor, das immer stärker werdende Pikachu zu fangen.