Auf ihrem Weg nach Baumhausen City treffen unsere Freunde auf ein Formeo, das sie zu einem Wetter-Institut führt. Dieses Institut arbeitet an einer Wettermaschine, die das Wetter verändert, was unsere Freunde live erleben! Team Aqua überfällt das Institut, um an die Daten über Alte Pokemon zu kommen, die in dem Hauptcomputer gespeichert sind. Unsere Helden ziehen mit Hilfe von Milli, einer neuen Mitarbeiterin des Instituts, die entsprechenden Daten auf eine Diskette und löschen sie auf dem Hauptcomputer. Doch dann stellt sich heraus, dass Milli nicht Milli ist sondern Brody, ein Mitglied von Team Magma. Brody kann beliebig sein Aussehen verändern. Er verschwindet auf Nimmerwiedersehen mit der Diskette. Team Aqua zieht unverrichteter Dinge davon. Dann taucht die echte Milli auf und möchte mit ihrer Arbeit in dem Institut beginnen. Ihre erste Aufgabe ist es, unzählige Informationen über die Alten Pokemon, die in einem Raum gestapelt sind, wieder in den Computer zu geben. Unsere Freunde setzen ihre Reise nach Baumhausen City fort.
