Die Ninja wollen herausfinden, wer in ihrem Namen die Verbrechen begeht, die die Stadt ins Chaos stürzt. Um schneller zu sein, teilen sie sich auf. Doch das war ein großer Fehler: Ronan, welcher der festen Überzeugung ist, dass die Ninja schuldig sind, fängt für den Polizeichef jeden einzelnen der Ninja ein und bringt sie hinter Gitter. Unterdessen treibt Nadakhan – der Flaschengeist – weiterhin sein Unwesen in der Stadt und kommt seinem Ziel, seine alte Mannschaft zu befreien, immer näher. Zur Unterstützung hat er dazu nämlich jetzt auch den Weltenkristall!