Shion no Ou dreht sich um ein junges High School Mädchen namens Shion Yasuoka, welche als Kind Augenzeuge der Ermordung ihrer Eltern wurde. Zur Zeit des Mordes hinterließ ihr Vater einen Spielstein des japanischen Strategiespiels Shogi, welches ähnlich dem Schach ist. Dies lässt sie zu der Schlussfolgerung kommen, dass der Mörder ein Shogi Spieler ist. Dabei weigert sich Shion selbst nach dem Mörder zu fragen und tut dies ausschließlich in schriftlicher Form, letztendlich entscheidet sie sich auch Shogi zu erlernen, um mehr über den Mörder ihrer Eltern herauszufinden.
