Twilight reist in der Zeit zurück, den Ursprung der Elemente von Harmonie, um einen Weg zu finden die Prinzessinnen zu retten und wieder Ruhe im Everfree Forest herzustellen. Twilight erfährt, dass sie mit ihren Freunden tief in den Wald, der jetzt gefährlicher als zuvor ist, vordringen und den Baum der Harmonie heilen muss. Aber da Princess Celestia und Princess Luna nicht anwesend sind, machen sich die Freunde Sorgen, da sie sie auf dieser gefährlichen Mission begleiten will und bestehen darauf, dass sie zurückbleibt, um ein Ausbreiten der Panik in Equestria zu verhindern …