MacGyver und Freund Pete Thornton geht auf einer Heimfahrt der Sprit aus. Prompt bringen vier Terroristen die beiden Agenten in ihre Gewalt. Die wollen die ganze Stadt lahmlegen, wenn ihr Boss, der Ermittlern ins Netz ging, nicht freigelassen wird. MacGyver glaubt, dass die Terroristen eine neue, streng geheime Superwaffe des Militärs in Händen halten. Die gilt es auszuschalten.
