Die seaQuest macht die größte Entdeckung in der Geschichte der Menschheit, als sie ein außerirdisches Raumschiff entdeckt, das in einer unterseeischen Felswand begraben ist; dort ist es seit über einer Million Jahren gefangen. Als ein Außenteam ins Innere des Schiffes geht, finden sie heraus, dass sie vielleicht nicht das einzige Wesen an Bord sind.