Eine Grippewelle hat die McKinley High überrollt und auch Schulleiter Figgins hat es voll erwischt. Außer Gefecht gesetzt muss er nun erst mal das Bett hüten. Ausgerechnet Sue reißt sich den Job als stellvertretende Schulleiterin unter den Nagel und nutzt ihre Position, um endlich ein paar Änderungen an der Schule durchzuführen. Sie streicht zunächst einmal die ungesunden Kroketten vom Speiseplan der Schule – sehr zum Unmut von Mercedes. Auch für Trainerin Beiste wird Sue zum Hassobjekt Nummer eins, als diese das Football-Team auflöst, um mehr Geld für ihr Cheerleader-Team einzuheimsen. Was Sue dabei allerdings nicht bedacht hat: Wen sollen die Cheerios anfeuern, wenn es kein Football-Team mehr gibt? Auch Will ist Opfer der Grippeviren und versucht trotz allem, krampfhaft gegen die Krankheit anzukämpfen. Erst als er im Unterricht eine Halluzination bekommt und plötzlich alle Glee-Mitglieder als Kinder vor ihm sitzen, lässt er sich krankschreiben. Zuhause wird er von seiner Ex-Frau Terri umsorgt, die dabei allerdings keine Gelegenheit auslässt, um sich wieder an ihn heranzumachen. Der Glee-Club wird inzwischen von der attraktiven Lehrerin Holly übernommen. Zwar sind die Glee-Mitglieder anfangs skeptisch, doch sie erkennen schnell, dass Holly voller positiver Energie steckt. Sie animiert die Schüler dazu, endlich auch mal ihre eigenen Lieblingslieder zu performen und nicht, wie bisher, immer nur Wills. Einzig Rachel gefällt das alles gar nicht, vor allem die wachsende Sympathie zwischen Holly und Sue ist ihr ein Dorn im Auge. Mit einem Mundschutz bewaffnet, stattet sie dem hoch ansteckenden Will einen Besuch ab, um ihn zu warnen.
