In der epischen letzten Staffel setzt Kloneinheit 99 alles daran, Omega zu retten, die sich in einer imperialen Wissenschaftseinrichtung ihren eigenen Herausforderungen stellen muss. Da die Klone getrennt sind und überall Gefahr lauert, müssen sie unerwartete Verbündete suchen, sich auf gefährliche Missionen begeben und alles einsetzen, was sie gelernt haben, um sich vom Imperium zu befreien.
