Misaka je jednou ze sedmi nejsilnějších osob v Akademickém městě, "vědeckém městě budoucnosti", kde se studenti učí ovládat své zvláštní schopnosti. V tomto příběhu se potýká s programem na vylepšování esperů, který se poněkud zvrhl, a zároveň chrání svou mladší sestru.. Jedná se o druhý Railgun a čtvrtý příběh v celé zastřešující dějové linii - nejprve byste měli shlédnout Index 1 a 2 a opravdu byste měli shlédnout Railgun 1, abyste mohli věci lépe pochopit.
