След намиране на мъртъв Призрак на P3M-736, експедицията на Атлантис намира доказателства, че лейтенант Ейдън Форд е отговорен за това. Шепърд и опитният му екип се опитват да открият лейтенанта, само че се озоват в плен на един млад човек, който е преследван от Призраците.